审计程序不规范的原因可以从多个方面进行分析：
程序履行不规范，履而不严
项目资金量小，经济事项内容简单：基层审计机关由于实施审计的项目资金量较小，经济事项内容较简单，项目的相似程度较高，导致审计人员主观上不愿意过多关注审计程序，使得整个审计项目缺少环节控制。
人员少，任务重：审计机关人员配备不足，任务繁重，导致审计人员无法严格按照规定的程序进行审计，从而影响审计质量。
重要事项未审计，审而不深
审计实施方案未结合单位特点：各项目组在制定审计实施方案时，未充分将各单位的特点和工作方案结合起来，导致经济责任审计有些项目审计停留在财务收支审计上，未全面审计重要经济事项管理制度和执行情况。
缺乏全面审计：对涉及贯彻执行国家宏观经济政策法规、重点投资项目的建设和管理情况、以往发现问题的整改情况等未进行全面审计，未延伸到下属单位的财政收支及经济活动的管理和监督情况。
问题未甄别，审而不实
时间、人员、职业能力的限制：个别审计组受时间、人员以及人员职业能力的限制，未能多方验证被审计单位提供的信息，导致证据不充分，影响审计结果的准确性。
审计技术方法落后：传统的手工审计方法难以应对复杂的经济责任审计工作，审计效率低下，准确性不高。缺乏对新兴审计技术的应用，如大数据分析、云计算等，使得审计工作难以全面、准确地评估风险。
审计人员素质参差不齐
缺乏专业知识和经验：审计人员素质参差不齐，缺乏必要的专业知识和经验，容易造成审计失误。
监督不力：审计机关对审计人员在审计过程中的行为监督不力，审计人员执行审计规范和纪律的真实状况难以知晓，存在舞弊风险。
内部管理不规范
缺乏有效的内部控制机制：事业单位内部管理不规范，缺乏有效的内部控制机制，导致审计风险增加。
审计程序缺乏必要的监督和复核：审计程序未充分考虑被审计单位的具体情况，审计程序过于简单或流于形式，缺乏必要的监督和复核。
审计技术方法落后
传统方法难以应对复杂任务：传统的手工审计方法难以应对复杂的经济责任审计工作，导致审计效率低下、准确性不高。
缺乏标准化和规范化的审计程序和方法：审计技术方法的落后还表现在缺乏标准化和规范化的审计程序和方法上，这可能导致审计工作的随意性和主观性，从而增加审计风险。
综上所述，审计程序不规范的原因主要包括审计机关人员配备不足、项目资金量小、经济事项简单、审计实施方案未结合单位特点、审计人员素质参差不齐、缺乏专业知识和经验、监督不力、内部管理不规范、缺乏有效的内部控制机制、审计程序缺乏必要的监督和复核、以及审计技术方法落后等多方面因素。为了提高审计质量和效率，需要从这些方面入手，加强审计程序的监督和复核，提升审计人员的专业素质，采用先进的审计技术方法，并完善内部管理制度。