研发支出审计程序主要包括以下几个方面：
了解和评估内部控制
审计人员需要了解企业的研发活动和研发费用相关的内部控制制度，并评估这些控制措施是否有效。这包括研发活动和研发人员认定制度、研发业务流程、研发项目管理等。
获取和核查研发相关文档
获取研发项目台账及明细表，包括各研发项目的工时、薪酬、折旧、摊销等归集核算的明细表。
获取企业员工花名册、工资表、研发人员工时台账，复核工资薪酬的准确性、完整性，不同研发项目之间研发人员薪酬的准确性。
获取专利清单，包括专利证书原件备查。
获取研发项目相关立项、执行、结项资料，如立项申请书、可行性研究报告、评审记录、小试报告、结项报告等。
审查研发支出管理流程
查阅被审计单位年度财务预算，审查是否编制研发支出预算，有无区分“资本化支出”与“费用化支出”，以及划分依据是否合理并得到一贯执行。
审查研发支出会计核算流程是否建立，研发支出核算范围是否完整，账务处理是否及时、准确。关注研发项目从立项、实施到验收的内控流程是否规范，是否经过授权批准。
获取研发人员花名册和工时统计表，审查研发工时记录是否完整、工时填报是否准确、人工成本归集和分摊是否合理，是否存在兼职研发的情况。通过抽查若干月度工资分摊表，确定人工费用归集的准确性和合理性。
获取固定资产折旧费用和无形资产摊销明细表，审查数据资产运行平台相关折日与摊销费用的分摊原则，确定折旧和摊销费用归集的准确性和合理性。
审查其他研发支出归集与分摊是否准确。
审查研发支出结转无形资产时点是否规范，结转金额是否准确，研发目标是否实现。
实质性程序
获取被审计单位无形资产明细账与科目余额表，复核加计，并与财务报表数核对，确定账表数据是否相符。
查阅被审计单位数据资源盘点清单、相关采购合同清单等资料，了解企业数据资源取得方式、开发过程以及持有目的。查阅第三方专业机构出具的数据资源合规及权属确认报告、相关法律文件或资料，确定数据资源无形资产是否为被审计单位所合法拥有或控制。
审计总结与反馈
总结审计经验，反馈结果，提出改进意见，组织改进措施。
通过以上程序，审计人员可以全面了解和评估企业的研发支出情况，确保研发费用的准确性和合规性，为企业的财务报表提供可靠的审计依据。