法院评查案件的程序主要包括以下几个方面：
案件质量评查程序
部门自评与评查小组评查相结合：办案部门首先对照质量标准进行自查，并提出等次建议，同时写出自查报告。自查报告连同推荐的案卷交法律政策研究室审核。
审核与集体讨论：法律政策研究室对案卷进行审查后，提交院案件质量评查小组集体讨论决定。评查小组通过阅卷、记录和讨论，对案件质量作出客观评价，并将结果分为优秀、合格、不合格三个等级。
问题记录与对策建议：评查人员需详细记录发现的问题，并写出评查报告。评查小组对评查情况进行总结，提出改进对策，法律政策研究室负责起草《案件质量评查报告》，报检察长审批后公布，并督促办案部门制定纠正和预防措施。
常规评查程序
员额检察官自查自评：员额检察官对其办理终结的案件进行逐案自查自评，发现问题自行整改，然后由部门负责人复核，主管检察长审核。
案件管理部门复评：案件管理部门随机抽选一定数量或比例的案件进行复评，对评查出的问题及时反馈办案部门整改，并定期通报。
全流程评查：坚持各个诉讼阶段相结合，进行全流程评查，包括侦查、批捕、起诉、审判等刑事诉讼和民事、行政、公益诉讼办案全过程。
专项评查程序
专门性评查：各级法院根据审判和执行工作的实际，对已审结、执结的某类案件进行专门性评查。每年都应组织开展专项评查。
案件调查程序
民事案件调查：包括当事人陈述、告知证人权利义务、证人作证、宣读未到庭的证人证言、出示书证物证、视听资料和电子数据、宣读鉴定意见、宣读勘验笔录等。
刑事案件调查：包括公诉人宣读起诉书、被告人被害人陈述犯罪事实、讯问发问被告人被害人、出示核实证据、调取新证据、合议庭调查核实证据等。
交叉评查程序
抽调业务骨干组成评查小组：法院之间进行发改案件交叉评查时，会抽调审判经验丰富的业务骨干组成评查小组。
严格按照评查标准和程序：评查小组从诉讼程序、事实认定、裁判说理、法律适用等方面对案件进行全面细致的分析。
填写评查意见表：评查过程中，评查人员逐案填写评查意见表，认真查找问题。
这些程序旨在确保案件质量，提升审判质效，并加强法院之间的交流和学习。