在Linux系统中，可以使用以下几种方法来监控文件被哪个程序修改：
Auditd
Auditd是Linux内核的一个服务，用于记录系统中的安全相关事件，包括文件访问和修改。通过配置auditd，可以监控指定文件或文件夹的修改记录，包括哪个程序和用户进行了操作。Auditd通常已经包含在大多数Linux发行版的软件仓库中，安装和使用都比较方便。
watchdog库
watchdog是一个Python库，用于监控文件系统的变化。通过使用watchdog，可以实时监听文件夹的变化，并在文件被修改、创建、删除或移动时触发相应的事件。watchdog提供了丰富的API来获取事件相关的详细信息，如文件路径和事件类型。
可易文件操作日志监控器
这是一款第三方软件，可以记录文件或文件夹的新建、修改、删除等操作，并生成历史记录。该软件适合办公环境，尤其是当多台电脑共享文件时，可以追踪谁对文件进行了操作。
自定义脚本
还可以通过编写自定义脚本来监控文件系统的变化。例如，可以使用Python的`watchdog`库编写脚本，监控特定文件夹的更改，并在文件被修改时打印出相关信息。
建议
选择合适的工具：根据具体需求选择合适的监控工具。如果需要系统级别的监控，auditd是一个强大的选择；如果需要编程实现，watchdog库是一个不错的选择。
定期检查日志：监控工具通常会生成日志文件，定期检查这些日志可以发现文件被修改的具体情况和原因。
权限设置：确保监控工具有足够的权限来访问和记录文件系统的变化，否则可能会导致监控失效。
通过以上方法，可以有效地监控文件被哪个程序修改，从而提高系统的安全性和可追溯性。