公司的程序通常由 公司内部相关部门制定。具体制定部门可能因公司规模、性质和组织结构的不同而有所差异。以下是一些常见的情况：
人事部
负责制定公司的政策和程序，包括综合管理类制度、流程等。
行政部
负责审议各业务线制定的制度，确保其符合企业的最基本制度，如公司章程及其他基础性制度。
运营部
可能参与某些运营流程和制度的制定，具体职责可能因公司而异。
财务部
可能负责制定与财务相关的政策和程序。
董事会
在某些情况下，董事会可能负责制定或修改公司章程。
股东会
制定或修改公司章程，并对公司的重大事务进行决策。
国有资产监督管理机构
在设立国有独资公司时，可能负责制定公司章程或审批董事会制订的章程。
综上所述，公司的程序制定部门可能是人事部、行政部、运营部、财务部、董事会或股东会等，具体职责和权限需要根据公司的实际情况和内部规定来确定。建议在制定重要程序时，多个部门应协同工作，确保制度的合理性和有效性。