医药公司合作程序通常包括以下几个步骤：
立项
确定合作意向和目标，明确合作范围和期望成果。
确定合作主要条件及运作方式
双方就合作的具体条件、权利义务、合作方式及价格等进行咨询和谈判。
确定合作主体是否符合签约要求
核实合作方的资质、信誉和经营状况，确保其具备履行合同的能力。
草拟合同
根据项目具体情况，制定合同草案，明确双方的权利和义务。
谈判达成共识
与合作主体进行多轮谈判，最终就合同条款达成一致。
审查会签
各相关部门或专家对合同草案进行审查，并提出修改意见。
签订合同
在双方均同意合同条款后，正式签订合同，明确合作的具体事宜和违约责任。
履行合同
按照合同约定履行各自义务，确保合作顺利进行。
监督与评估
对合作过程进行监督，定期评估合作效果，及时解决合作中出现的问题。
在整个合作过程中，应确保所有活动符合国家法律法规，特别是关于药品经营的相关法规，如药品经营许可证、药品经营质量管理规范认证书（GMP和GSP）等。
建议：
在合作过程中，建议聘请专业律师提供法律咨询和合同起草服务，以保障合作双方的合法权益。
严格遵守相关法律法规，确保合作活动的合法性和合规性。