工程审计的程序主要包括以下几个方面：
工程结算审计复核
对工程结算进行复核，通常依据《建设工程工程量清单计划规范》及配套定额，以承包商提交和监理单位复核为对象。
审计人员根据工程施工承包合同的约定，对竣工结算资料、施工图（竣工图）和图纸会审纪要进行审核。
核查工程量和清单价格，以及各种取费（量、价、费），逐项审核，发现不符合事实、合同约定或国家规定的工程或错误，视为核减（核增）工程。
工程结算审计步骤
合同工程量复核：根据设计文件、图纸和竣工资料，计算出合同工程量。
审计工程的程序
填写审计资料交接清单并进行登记，进行审前调查。
制定审计方案，草拟审计通知书并签发。
对审计程序、质量、进度进行跟踪检查，核对工程项目。
登记工程核定单，留档留存。
复核工程审计工作底稿，编写工程结算审核情况报告。
编写财务审计工作底稿，审计结案。
基建工程审计的主要程序
在建设项目正式立项时，将其纳入审计视野，关注前期准备工作。
审计组在项目现场设立办公场所，建立定期例会制度，参加被审计单位的重要例会，提出审计意见并记录。
控制中标合同价，防止施工现场随意变更设计、增项、减项、扩大工程造价。
对工程用料、隐蔽工程进行质量和数量监控，防止偷工减料或以次充好。
审计组成员深入施工现场，掌握工程进展和变更情况，了解技术问题，熟悉工程计量规则及费用测算办法，并做好记录。
核对各参建单位实际完成的工作内容、数量、质量，开具核定单。
要求被审计单位按审计组规定的时间和方法报送工程结算资料，并及时确定审计结果。
建立跟踪审计项目台账，记录审计时间、工作纪实、发现问题、审计意见、整改情况、审计成果。
工程项目施工过程的审计
工程成本管理审查：审查人工费、材料费、机械使用费、其他直接费、间接费等成本要素，找出薄弱环节，提出对策和建议。
安全、质量、工期的审查：审查施工进度是否按计划进行，是否存在安全隐患和质量问题，有无违规操作导致的经济损失。
建筑工程审计的流程
审前准备工作：收集工程相关文件资料，如施工合同、招投标文件、编制标底等，并进行详细分析。
建设项目跟踪审计程序：在项目正式立项时纳入审计视野，关注前期准备工作，审计组现场设立办公场所，建立定期例会制度，参加重要会议，提出审计意见并记录。
这些程序共同构成了工程审计的完整流程，旨在确保工程项目的合规性、真实性和效益性。