企业合并程序是指将两个或两个以上单独的企业合并形成一个报告主体的交易或事项过程。这个过程通常包括以下几个步骤：
董事会决议
公司合并应首先经由董事会作出合并决议。尽管我国公司法没有对董事会的合并决议作出规定，但这确属应有之义。
股东会决议
公司合并对公司的重大变更事项，对股东利益影响甚大，因此必须经由股东会同意后方可实施。我国《公司法》规定，其决议方法，在有限责任公司，必须经代表2/3以上有表决权的股东通过。
订立合并协议
企业合并应由合并各方签订合并协议。合并协议的内容应当载明法律、法规规定的事项和双方当事人约定的事项。一般来说，协议内容应包括公司的名称与住所、合并后存续公司或者新设公司的名称与住所、合并各方现有的资本及对现有资本的处理方法、合并各方所有的债权、债务的处理方法、存续公司的公司章程是否变更等内容。
政府批准
如果合并需要取得主管机关审批的，则需要取得其批准。例如，股份有限责任公司的合并必须经国务院授权的部门或者省级人民政府批准。
编制资产负债表和财产清单
合并各方需要编制资产负债表和财产清单，以反映公司的资产及负债状况和股东权益。这是会计合并中必须编制的报表，必须真实、全面地编制，不得隐瞒公司的债权、债务。
合并决议的形成
公司合并应当由公司股东会或者股东大会作出合并决议，之后方进行其他工作。公司合并会影响到股东利益，如股权结构的变化，因此必须按照《公司法》的规定进行特别决议。
向债权人通知和公告
公司应当自作出合并决议之日起十日内通知债权人，并于三十日内在报纸上或者国家企业信用信息公示系统公告。债权人自接到通知之日起三十日内，未接到通知的自公告之日起四十五日内，可以要求公司清偿债务或者提供相应的担保。
办理合并登记手续
存续公司（接纳方）应到原登记机关办理公司变更登记，而被吸收公司（加入方）则需办理公司注销登记。
债权债务处理
在合并过程中，需要妥善处理债权债务问题，确保合并过程中的财务透明度和准确性。
这些步骤确保了企业合并过程的合法性、公正性和透明度，保护了股东、债权人和员工的利益。