面对软件侵害权益的情况，可以采取以下措施进行保护：
停止侵权行为
立即停止所有侵权行为，如不再使用或复制侵权软件。
沟通协商
尝试与软件著作权人进行沟通，说明情况，看是否可以协商解决。
寻求法律帮助
如果协商不成，应寻求专业律师的帮助，通过法律途径维护自己的权益。
收集电子证据
利用电子证据来支持维权行动，包括源代码对比、服务器日志、用户数据等。
申请证据保全
通过法院介入，迅速锁定侵权证据，确保证据的完整性和有效性。
向版权局投诉
可以向版权局进行投诉，要求对方停止侵权行为并赔偿损失。
提起民事诉讼
根据《中华人民共和国著作权法》，权利人可以向法院提起民事诉讼，要求停止侵权、赔偿损失等。
利用技术手段监测
使用数字水印和监测工具，及时发现侵权行为，并收集关键证据。
申请公证与保全
对电子证据进行公证，并申请法院进行证据保全，确保证据的法律效力。
明确软件知识产权归属
明确软件知识产权的归属问题，是归企业还是制作、设计、开发人员所有。
申请专利保护
如果软件科技或产品构成专利法律要件，应尽早办理申请专利权登记。
采取保密措施
对软件产品或成果中的技术秘密采取保密措施，防止泄露。
软件著作权登记
在软件产品进入市场之前，进行软件著作权登记，以便在法律上获得保护。
通过以上措施，可以有效保护软件著作权人的合法权益，防止侵权行为的发生和扩大。在实际操作中，建议根据具体情况选择合适的维权方式，并在必要时寻求专业律师的帮助。