南京定制软件的收费模式通常包括以下几种：
按照小时计费：
根据开发人员的工作小时数来计算费用。这种模式适用于需求较为明确且变更较少的项目。
按照项目规模计费：
根据项目的整体规模和复杂度来收费。这通常涉及到对软件功能、设计、开发周期等多个方面的综合评估。
按照完成度计费：
根据软件开发的完成度来收费，即完成一定比例的工作后支付一定费用，直至项目完成。这种模式有助于控制项目进度和预算。
人工成本：
包括开发人员的人工费用，通常按照每天的人工单价乘以开发所需的总天数来计算。此外，管理费用也是总费用的一部分，通常为开发人工费的30%左右。
额外费用：
可能还包括初步需求评估费用、技术支持费用、软件运维费用等。这些费用通常根据项目的具体需求和开发团队的提供的服务来定。
综合来看，南京定制软件的收费情况受多种因素影响，包括项目的复杂程度、功能需求、开发周期、开发团队的技术水平等。因此，具体的收费标准和报价需要与客户进行详细的需求分析和协商确定。对于中小型企业，选择模板开发可能更为经济实惠，而大型企业或对软件有较高定制需求的项目，则可能需要与定制开发公司进行更深入的沟通和报价。