定制软件的付款方式通常有以下几种：
阶段性付款模式
预付合同款项40%：在签订合同时，客户需要预付软件项目开发总价的40%作为预付款，付款后软件公司开始制定项目开发计划。
软件开发需求确定后支付30%的款项：在软件开发前，需要与客户进行深度沟通，确认需求后支付30%的款项。
软件产品支付支付20%的款项：软件编写、测试完毕并展示运行效果后，客户认可并验收后，支付20%的款项。
售后服务到期后支付质保金10%：软件项目交付后，通常会约定售后服务期限，期限一到，支付剩余的10%费用。
分段式付款
预付款30%：定制软件的公司先预付软件定制总造价的30%作为预付款，软件定制开发公司收到预付款后开始软件开发。
开发中付款50%：项目开发到一定阶段（如一半或大部分开发），客户需支付中间款项的50%左右。
交付后付款20%：软件外包公司将所有源代码和相关技术文件交给客户，双方验收完成后，支付剩余的20%款项。
其他付款方式
逐次付款：有些合同可能会规定逐次付款，例如软件开发前预付20%，需求确认后付30%，程序开发完成后付40%，最后预留10%-20%的尾款在软件正式运行2个月内付清。
分期付款：有的公司可能会采取分期付款的方式，例如先付10%定金出原型图，30%设计稿确认后，再支付30%，40%验收完成后再支付20%。
建议
明确合同条款：在签订定制软件开发合同时，务必明确各项付款条款，包括付款比例、付款时间、尾款支付条件等，以避免后期纠纷。
沟通与协商：付款方式应根据双方实际情况和需求进行协商，确保双方利益得到保障。
风险控制：预付款比例不宜过高，以免在项目初期承担过多风险；尾款比例也应合理，以保障软件质量和售后服务。
通过以上方式，可以有效地保障定制软件开发过程中的资金安全和项目顺利进行。