北京办理软件退税的流程如下：
申请
在软件获证之后，依据当地税务机关要求，进行申报，提交相关资料。这些资料可能包括税务资格备案表、著作权行政管理部门颁发的《计算机软件著作权登记证书》、省级软件产业主管部门认可的软件检测机构出具的《软件产品检测报告》等。
审核
提交申报材料后，税务机关进行审核，确认申请软件是否符合退税条件。审核过程中可能需要企业补充或修正材料。
缴税
根据审核情况，确定软件退税金额，并由纳税人按规定标准缴纳税款。如果企业已经缴纳了相关税款，可以申请退还多缴的部分。
申领
按规定缴纳税款后，纳税人根据税务机关规定提供的申领资料，到指定机构进行申领。申领过程中可能需要提供《软件产品超税负退税审核表》、《软件产品超税负计算表》、《自查情况表》、进项抵扣分摊明细表、认证结果通知书及清单、《当月纯软或者嵌入式软件销售清单》等。
建议企业在办理软件退税时，提前准备好所有必要的资料，并咨询当地税务机关或专业服务机构以确保流程顺利进行。