要确保软件运行不被更改，可以采取以下措施：
代码混淆
通过修改程序的结构和逻辑，使其难以理解。这包括重命名变量和函数、使用不直观的控制流结构等。代码混淆可以使攻击者难以理解和修改程序，从而提高程序的安全性。
加密
对程序的源代码或二进制文件进行加密，以防止未经授权的访问和修改。加密可以在程序运行时动态进行，也可以在编译时静态进行。动态加密需要在程序运行时解密代码，而静态加密则将加密后的代码直接嵌入到程序中。
数字签名
使用公钥加密算法（如RSA）对程序进行签名，以确保程序在传输过程中没有被篡改。接收方可以使用相应的私钥对签名进行验证，以确认程序的来源和完整性。
时间戳
在每次修改程序时添加一个时间戳，记录程序的版本信息。这可以帮助开发者追踪程序的修改历史，并在出现问题时迅速定位问题所在。
版本控制
使用版本控制系统（如Git）管理程序修改历史，允许开发者跟踪程序的修改历史，比较不同版本的代码差异，并在出现问题时回滚到之前的版本。这有助于开发者更好地管理代码，提高开发效率，同时也可以防止未经授权的修改。
权限控制
对程序的访问和修改权限进行严格控制，通过设置用户权限、限制外部访问等方式实现。权限控制是保护程序安全的基本手段，需要与其他安全措施结合使用。
后台运行管理
确保软件具有后台运行的功能，并通过任务管理器或第三方工具进行设置和管理。例如，在Windows系统中，可以通过“设置”->“应用”->“应用管理”->“后台应用”来管理软件的后台运行。
防止系统时间篡改
程序可以捕获系统时间修改事件，并将系统时间恢复到修改前的状态，从而确保程序运行时系统时间的正确性。
使用专业工具
使用专业的系统监控和管理工具，如洞察眼MIT系统、Windows组策略编辑器或注册表编辑器，来控制软件的安装和运行行为。这些工具可以帮助管理员实时监控和管理系统中的软件运行状态。
通过综合运用上述措施，可以大大提高软件的安全性，防止其被未经授权地更改或破坏。