申请办理软件著作权可以按照以下步骤进行：
用户注册与登录
首先，需要在中国版权保护中心网站上进行用户注册，注册成功后，按指引进行实名认证。
实名认证通过后，选择需要办理的软件版权登记业务，在线填报并上传申请材料，如软件著作权申请表、软件源代码、软件说明书、软件界面截图、著作权声明等，确认无误后提交申请。
填写申请表
在中心网站上，首先进行用户注册，然后用户登陆，在线按要求填写申请表后，确认、提交并在线打印。
申请表填写的内容包括：软件全称、简称、版本号、开发完成日期、软件开发情况（独立开发、合作开发、委托开发、下达任务开发）；原始取得权利情况、继受取得权利情况；权利范围、软件用途；技术特点（软件名称、用途、技术特点、开发的软硬件环境、编程语言及编程语言版本号、程序量、零售价格）；软件著作权拥有状态、申请者详细情况、软件鉴别材料交存方式、申请者签章等。
准备材料
软件源程序代码（A4纸打印，单面，1份）前、后各连续30页，共60页。不足60页全部提交。第60页为模块结束页，每页不少于50行（结果页除外），在每页的左侧留出装订线，右上角打印或标注页号1—60。
软件用户手册、操作手册、设计说明书、使用说明书等任选一种。
申请人或代理人的身份证明（自然人、法人或其他组织的身份证明）。
若软件是合作开发，需提供所有著作权人的同意证明；若软件是继承或受让，需提供相关继承或受让的证明。
提交申请文件
将所有准备好的材料提交到中国版权保护中心，包括盖章的申请表、申请人的主体资格证明资料、软件源代码等。
申请文件符合受理要求的，登记机构在规定的期限内予以受理，并向申请人或代理人发出受理通知书；不符合受理要求的，发放补正通知书。
审查与补正
登记机构会根据《计算机软件保护条例》和《计算机软件著作权登记办法》的规定进行审查，审查通过的，予以登记；不符合规定的，发放补正通知。
申请人或代理人应根据补正通知书要求，在30个工作日内提交补正材料，逾期未补正的，视为撤回申请。
领取证书
审查通过后大概需要30到60日的时间，申请人或代理人可登录中国版权保护中心网站，查阅软件著作权登记公告，并领取著作权登记证书。
整个流程大致需要1~3个月的时间，具体时间取决于登记机构的审核进度和申请人提交材料的完整性。建议提前准备好所有材料，并在规定时间内完成申请，以确保顺利取得软件著作权登记证书。