软件企业在进行数据自查时，可以采取以下几种方法：
利用数据分析工具
通过数据分析工具对业务系统数据进行自动化的统计和分析，可以提高数据分析的效率，并减少人工错误。
建立定期数据自查制度
通过定期对业务系统数据的自查，可以及时发现数据异常，并迅速进行处理，确保数据的准确性和完整性。
排查计算机网络系统漏洞
对计算机硬件设备进行日常维护，重点排查软件系统的合规性和安全性，及时清理员工使用的不合规、不安全的第三方应用，并对常规系统进行更新和漏洞排查。
考察员工的安全意识
提高员工的安全意识，因为近乎一半的网络攻击事件是由于企业员工缺乏安全意识直接或间接促成了数据泄露。
这些方法可以帮助软件企业系统地进行数据自查，提高数据安全性，减少潜在的风险。