软件著作权的出版流程可以总结如下：
判断软件著作登记的权利
首先确认软件是否具备软件著作登记的权利，这包括软件是独立开发的，或者经原著作权人许可对原有软件修改后形成的在功能或者性能方面有重要改进的软件。合作开发的软件可以由全体著作权人协商确定一名著作权人作为代表办理登记。
进行网上注册
确认符合登记条件后，可以通过相关机构的网上系统进行注册，这个过程通常需要1-3个工作日。
提交申请材料
注册成功后，需要向相关机构提交申请材料，这个过程通常需要2-5个工作日。
获得受理通知书
提交申请材料后，会获得受理通知书，这个过程通常在当天即可完成。
获得著作权登记证
从提交申请到获得著作权登记证，整个过程通常需要30-40个工作日。
软件著作权登记后的权益
完成登记后，软件著作权人享有发表权、开发者身份权、使用权、使用许可权和获得报酬权。
出版发行
在软件著作权登记后，可以合法在我国境内经营或销售该软件产品，并进行出版发行。
版权保护
登记后的软件可以作为自主知识产权的证明材料，有助于在软件著作权被侵犯时提供有力的证据。
建议在软件出版前，先进行软件著作权登记，以确保自身权益得到充分保护。