申请软件著作权指导如下：
注册账号
打开中国版权保护中心官网：http://www.ccopyright.com.cn/
注册账号，选择机构类型，填写相关信息并完成实名认证。
准备申请材料
填写软件基本信息，包括软件名称、版本号、开发完成日期、开发及运行环境、软件功能介绍、著作权人信息等。
准备软件文档，如用户手册或详细设计说明书。
提交软件源代码，要求前1500行和后1500行，不足3000行则全部提供，每页50行代码，共计60页。
提供申请人身份证明，如营业执照或身份证。
如委托代理申请，则提供代理委托协议和代理人的身份证明。
提交申请
登录中国版权保护中心网站，填写计算机软件著作权登记的申请表，并打印盖章。
提交书面材料，包括申请表、软件权属归属证明、软件源代码、软件说明、申请人身份证明等。
缴纳申请费，目前国家免收计算机软件著作权登记费用。
等待审核
提交申请文件后，版权保护中心会进行初步审查，并在规定期限内受理申请。
审核通过后，进入审查阶段，审查通过的将予以登记，不符合规定的会发放补正通知。
领取证书
审核通过后，等待30到60日，可以领取计算机软件著作权登记证书。
建议：
如果时间充裕且对申请流程熟悉，可以选择自行办理，这样成本较低。
如果时间紧迫或对申请流程不熟悉，建议选择专业的版权代理服务机构代为办理，虽然会收取一定的费用，但更加省事方便，且通常能更快获得证书。