软件发票退税的流程如下：
取得相关证书和资料
取得《软件产品登记证书》。
准备《税务认定审批确认表》和登记证书复印件。
申请税务资格登记
携带上述资料至办税服务厅申请税务资格登记。
开具发票
在开具增值税发票时，确保销货单位、商品名称、型号、金额等信息填写齐全。
发票中的软件名称必须与《软件产品登记证书》一致，版本号也需填写。
若同时销售自产软件与其他产品，需在同一张发票中列出，并注明软件名称。
计算实际税负
计算销售软件产品的实际增值税税负。
若实际税负超过3%，可申请退还超出部分。
提交退税申请
通过电子税务局或其他指定渠道提交退税申请。
填写相关表格，提供必要资料，如销售合同、发票清单、进项金额计算等。
税务机关审核
税务机关对申请进行审核，符合条件的，退还相应税款。
审核过程中可能会要求企业提供补充材料或进行现场核查。
退税确认与资金退还
审核通过后，税务部门将核定应退税款。
超税负3%的部分将退还至企业账户。
跟进与反馈
退税到账后，企业应做好财务记录。
随时与税务机关沟通，确认退税进度和结果。
注意事项：
所有文件中软件产品的名称必须保持一致，否则会影响退税申请。
确保销售合同中的软件产品名称与软件著作权证书中的名称一致，以免影响备案和后续退税流程。
发票开具必须准确无误，包括软件名称、版本号等信息。
通过以上步骤，企业可以顺利完成软件发票的退税申请。建议企业在操作过程中仔细核对各项资料，确保信息的准确性和完整性，以便顺利获得退税。