软件行业的征税方式主要涉及以下几个方面：
增值税
一般纳税人：销售其自行开发生产的软件产品，按13%的税率征收增值税，对实际税负超过3%的部分实行即征即退政策。
小规模纳税人：生产销售计算机软件按6%的征收率计算缴纳增值税；商业企业小规模纳税人销售计算机软件按4%的征收率计算缴纳增值税，并可由税务机关分别按不同的征收率代开增值税发票。
企业所得税
高新技术企业：符合条件的软件开发企业可以申请高新技术企业认定，享受15%的企业所得税优惠税率。此外，研发费用还可以享受加计扣除政策，即企业在计算应纳税所得额时，可以在实际发生研发费用的基础上，再加计一定比例进行扣除。
小型微利企业：若符合免税条件的小微企业，可以免税。
个人所得税
软件行业中的个人收入，如工资、奖金等，需按照国家个人所得税法规定缴纳个人所得税。
其他税种
根据具体业务类型和地区政策，软件企业可能还需缴纳城市维护建设税、教育费附加、地方教育附加等地方税费。
建议
软件企业在制定税务规划时，应充分利用税收优惠政策，如高新技术企业认定和研发费用加计扣除等，以降低税负。
企业应分别核算软件产品与其他产品的销售额，以确保正确适用税率和享受相关退税政策。
保持与税务机关的沟通，及时了解最新的税收政策变化，确保合规操作。