刘裕在北伐南燕时并未完全平定南方，主要有以下几个原因：
刘穆之突然去世：
刘穆之是刘裕的左膀右臂，负责后方安全、物资供给和人员调配等事务。他的去世使得刘裕不得不回师稳定时局，这导致他无法全力投入北伐。
长安留守人员安排不当：
刘裕在北伐南燕时，没有安排好长安的留守人员，导致众将不和，后方不稳。这种内部的不稳定因素严重影响了他的北伐计划。
庶族出身的局限：
刘裕出身庶族行伍，在东晋士族门阀影响百年的朝堂上，缺乏必要的声望和威势。因此，他通过北伐建功来巩固自身在朝廷的地位，并解决篡权之路所面临的困境。
战事日久，将士思归：
长期的战争使得将士们疲惫不堪，思归之心日重。刘裕需要考虑士兵的士气和归心问题，这无疑也影响了他的北伐进程。
东晋内乱不断：
自孝武帝死后，东晋内战不断，荆州三吴地区被打成废墟，朝廷已经很难继续保证刘裕进攻河北的人力物力。
主要目标是后秦：
刘裕北伐的主要目标是后秦，因为后秦内部混乱，攻占下来的几率很大。他可能认为在平定后秦后，可以顺势解决南燕问题，因此没有在北伐南燕上花费太多精力。
综上所述，刘裕在北伐南燕时并未完全平定南方，主要是由于内部稳定、个人声望、军事策略以及外部环境等多重因素的影响。