处理选举程序问题，可以采取以下步骤：
识别问题
首先，需要明确选举程序中具体存在哪些问题，比如投票过程是否存在瑕疵、候选人资格是否合规、选举组织是否规范等。
核实问题
对于发现的问题，应进行核实，确认问题的性质和严重程度。这可能涉及到重新核对投票资格、重新计票、重新组织投票选举等。
整改
根据核实结果，进行相应的整改。如果是程序问题，需要重新组织相关环节；如果是候选人资格问题，需要重新筛选符合要求的候选人并重新组织选举流程。
提交审核
整改完成后，应再次提交审核相关材料，包括重新组织选举的记录、新的候选人名单以及符合规定的各项文件。
追究责任
对于故意违反选举程序的行为，如作弊、强迫或诱使选民违背意愿投票等，应追究相关人员的法律责任，并根据情况给予相应的纪律处分或刑事责任追究。
预防措施
为防止类似问题再次发生，应建立完善的法律体系，明确换届选举程序的具体要求和标准，并加强选举程序的管理，确保选举过程的公正和透明。
接受监督
选举过程应依法接受监督，任何组织或个人都不得以任何方式干预选民或代表自由行使选举权和被选举权。
通过以上步骤，可以有效处理选举程序问题，确保选举的合法性和公正性。