当程序违法导致败诉时，应根据具体情况采取不同的处理措施：
行政处罚程序违法败诉
原告败诉：原行政处罚决定保持不变。
被告败诉：法院可以撤销原行政处罚决定，并责令行政机关重新作出处罚决定。
强制拆迁程序违法败诉
败诉方需与拆迁人进行协商，并承担诉讼费用。
通过调解尽量减少赔偿利益。
司法强拆已成为唯一合法的强拆方式。
行政诉讼程序违法
裁定撤销原判，发回原审人民法院重审，或查清事实后改判。
对于严重违反法定程序如遗漏当事人或违法缺席判决的情况，法院将裁定撤销原判决，发回重审。
法律途径维护权益
上诉：当事人对一审结果不满的，可在规定期限内向上级法院提起上诉。
投诉：当事人可向上级法院纪委部门或检察院举报，若内容属实，涉事法官将面临处罚。
申诉或抗诉：当事人可向上级法院提出申诉或抗诉，适用于地市级以上人民检察院认为下级法院一审判决或裁定确有错误的情况。
综上所述，程序违法败诉后，当事人应积极采取法律途径维护自身权益，通过协商、调解或上诉等方式减少损失，并严格遵守法律规定，避免类似情况再次发生。