当政府程序违法时，可以采取以下措施：
申请行政复议
当事人可以向作出行政行为的政府部门的同级行政监察部门举报，也可以向该部门的上级行政主管部门进行举报。如果涉及基层政府违法征地，还可以向其上一级人民政府举报。若问题严重，构成犯罪的，可直接向当地公安机关或人民检察院举报。
提起行政诉讼
当事人可以向人民法院提起行政诉讼，要求撤销或部分撤销违法的行政行为，并要求重新作出行政行为。法院在审理过程中，如果发现行政行为违反法定程序，可以依法判决撤销或部分撤销，并可以判决被告重新作出具体行政行为。
申请国家赔偿
如果政府程序违法导致当事人合法权益受损，当事人可以依据《国家赔偿法》的规定，向有关部门提出国家赔偿申请。行政机关及其工作人员在行使行政职权时违法，侵犯公民、法人或其他组织的合法财产权益，受害人有取得赔偿的权利。
内部改正
对于违反法定程序作出的行政行为，上级行政机关或有关部门可以责令其改正，并对直接负责的主管人员和其他直接责任人员依法给予行政处分。
监督机关介入
行政监察部门和其他监督机关可以对违反法定程序的行为进行调查，并采取相应的纠正措施。
在处理政府程序违法的问题时，建议当事人首先通过行政复议途径进行申诉，如果对行政复议结果不满意，再向人民法院提起诉讼。同时，当事人应当收集相关证据，以便在需要时提供有力的法律支持。