工程索赔处理程序通常包括以下几个步骤：
提出索赔要求
索赔方应在索赔事项发生后的28天内以书面信件正式发出索赔通知书，声明索赔权利。如果逾期再报，其索赔要求可能遭到拒绝。
报送索赔资料和索赔报告
在正式提出索赔要求后，索赔方应抓紧时间准备索赔资料，编写索赔报告，并在下一个28天以内正式提交索赔报告。如果索赔事项的影响是持续存在的，事态还在发展，则每隔28天报送一次补充资料。最后在索赔事项结束后的28天以内报送最终索赔报告，提出具体的索赔款额或工期延长天数。
协商解决索赔问题
协商是指合同双方在自愿、互让互谅的基础上，按照工程项目的合同文件，通过友好谈判解决工程中产生的索赔问题，因此也被称为协商谈判。
调解
当双方不能通过友好协商解决索赔问题时，可以按照施工合同专用条款的规定，请有关部门进行调解。调解人可以是双方都信任的个人（工程技术专家、律师、估价师等），也可以是一个专门的组织（工程咨询或监理公司、工程管理公司、索赔争端评审组、合同争端评委会等等），调解人按照政策、法规及施工合同的规定，在划分各方责任的基础上提出解决方案。如果双方同意调解方案并签字，那么调解完成。
诉讼
在双方和解不成，又没有仲裁协议的情况下，一方的当事人可以向有管辖权的法院提起诉讼。
此外，工程索赔处理程序还可以具体细化为以下步骤：
发出索赔意向通知
索赔事件发生后28天内，承包人向工程师发出索赔意向通知，说明索赔事件涉及的工程项目、索赔事件发生的依据及索赔费用估算。
提交索赔报告及相关资料
发出索赔意向通知后28天内，承包人向工程师提交补偿经济损失和（或）延长工期的索赔报告及有关资料。如果索赔事件持续进行，承包人应阶段性发出索赔意向，并在索赔事件终了后28天内提供最终索赔报告和相关资料。
工程师审核索赔申请
工程师在收到承包人送交的索赔报告和相关资料后，于28天内给予答复，或要求承包人进一步补充索赔理由和证据。如果工程师在28天内未予答复或未对承包人作进一步要求，视为该项索赔已经认可。
工程师与承包人谈判
如果工程师与承包人未能达成一致，工程师有权确定一个合理的单价或价格作为最终的处理意见，并报送业主，同时通知承包人。
发包人审批
发包人审批工程师的索赔处理证明，最终确定是否接受承包人的索赔决定。
承包人接受最终决定
承包人是否接受最终的索赔决定，如果接受，则按照决定执行；如果不接受，可以通过协商、调解或诉讼等途径解决争议。
这些步骤确保了工程索赔处理的规范性和合法性，有助于合同双方公平合理地解决索赔问题。建议在实际操作中，各方应严格按照规定的程序进行，以确保自身权益得到保障。