程序空转是指程序在运行过程中，由于某些原因没有按照预期进行，导致资源浪费、效率低下或者无法达到预期目标的现象。处理程序空转的方法可以归纳为以下几点：
明确法院的司法最终认定权
当行政认定与司法认定存在冲突时，司法认定具有最终效力。法院应转向适用审查程度更高的履行诉讼，围绕原告诉求进行审查，在裁判时机成熟时，于判决中明确行政机关具体的履责内容，以实质化解争议。
强化裁判智慧指引
通过强化裁判智慧指引，发挥检索类案、关联案件功效，深度挖掘司法数据潜在价值，促进裁判规则和法律适用标准统一。这样可以减少机械适用证据规则的情况，提高法官的主动性和裁判的精准度。
加大虚假诉讼、滥诉打击力度
对当事人无理缠诉，或企图通过虚假诉讼、故意制造管辖连接点等行为依法追究责任，从而减少不必要的程序空转。
综合运用数字信息技术
利用云计算、人工智能等数字信息技术，提升案件整体的精准管控水平，通过宏观的司法大数据应用来避免程序空转。
关注并处理“程序空转”案件
检察机关在开展行政诉讼监督时，应对没有进入法院实体审理的“程序空转”案件给予充分关注，并运用法治思维、法治方式深入剖析实质性、根源性的问题，确保办案结果符合公平正义，维护当事人合法权益。
制定应对防范工作指引和实施方案
例如，上海市高级人民法院制定了《民商事审判中“程序空转”现象应对防范工作指引》和《关于民商事审判中“程序空转”问题专项治理的实施方案》，通过具体的措施和指引来应对程序空转问题。
完善裁判理念和方式
最高人民法院发布的《人民法院第六个五年改革纲要（2024-2028年）》提出强化上级人民法院审级监督指导职能，细化明确案件改判、发回的情形和标准，旨在完善裁判理念和方式，防止“程序空转”。
通过上述方法，可以有效减少程序空转现象，提高司法效率和公信力，保障当事人的合法权益。