银行本票结算程序主要包括以下步骤：
申请签发银行本票
申请人向银行交存款项，填写“银行本票申请书”，申请签发银行本票。
银行审查申请书内容无误后，签发银行本票给申请人。
出票
申请人持银行本票向填明的收款单位或个体经济户办理结算。
款项结算
收款人收到银行本票后，填写进账单连同本票交开户银行办理收款手续。
收款人开户银行收妥入账，并将进账单回单退给收款人。
银行间传递凭证，划转款项。
办理本票背书和兑现
收款人为个人的，可以持转账的银行本票经背书向被背书人的单位或个体经济户办理结算。
具有“现金”字样的银行本票可以向银行支取现金。
总结起来，银行本票结算程序包括申请签发、出票、款项结算及办理本票背书和兑现等步骤。申请人需填写银行本票申请书并交存款项，银行签发本票后，申请人持本票进行结算，收款人通过开户银行收款，最后银行间传递凭证完成款项划转。