无效审计程序指的是在审计过程中，那些无法有效获取充分、适当审计证据，或者不能对财务报表的真实性和公允性提供合理保证的审计程序。
对于未入账的长期借款，无效的审计程序是 编制长期借款明细表并与总账核对。这是因为该程序无法审查未入账的长期借款，而其他选项如向被审计单位索取债务说明书、了解举债业务，对利息费用实施分析性复核，以及查阅企业管理部门的会议记录、文件资料等都是有效的审计程序，有助于发现未入账的长期借款。
建议在审计过程中，审计人员应选择那些能够直接获取充分、适当审计证据的程序，以确保审计质量。