厘清执法程序是指对行政执法过程中的各个环节进行明确、规范化的过程。这主要包括以下几个方面：
案件来源 ：包括监督检查职权、投诉、举报、其他部门移送、上级交办等途径发现的违法行为线索。
立案
立案应当符合一定的标准，如有明确的违法嫌疑人，涉嫌违反相关法律法规，且属于本部门管辖。
立案后，应当及时进行后续的调查和处理。
执法人员实施处罚
执法人员应当具有生态环境执法资格，且不得少于两人。
执法人员应文明执法，尊重和保护当事人的合法权益。
调查取证
除当场可以作出的行政处罚外，必须全面、客观、公正地调查，收集有关证据。
在必要时，可以依照法律、法规的规定进行检查。
听证程序
对于较大数额罚款或其他需要听证的行政处罚，行政机关应当告知当事人有要求听证的权利。
当事人要求听证的，行政机关应当组织听证。
作出行政处罚决定
行政机关应当根据调查结果，依法作出行政处罚决定。
行政处罚决定书应当载明违法行为、处罚依据、罚款金额、时间、地点、执法机关名称，并由执法人员签字或盖章。
送达与执行
行政处罚决定书应当在宣告后当场交付当事人。
当事人应当在行政处罚决定的期限内履行处罚决定。
归档备案
执法程序完成后，应当将相关案件材料归档备案。
通过以上步骤，可以确保行政执法行为的合法性、规范性和公正性，避免因行政主体的随意判断而侵害相对人的权利。