纪检立案调查的程序主要包括以下几个阶段：
受理与初步核实
纪检监察机关首先接受违反党纪政纪行为的线索和材料，并进行初步核查和证实。
立案审批
经过初步核实，如果认为确有违纪违法事实，并需要追究党纪政纪责任，承办部门会按照规定的权限和程序办理立案手续，撰写立案呈批报告。
立案前，需经过纪检监察机关主要负责人的审批，并报同级党委主要负责人批准。
立案决定宣布
立案审查调查决定应当向被审查调查人宣布，并向其所在党委（党组）主要负责人通报。
成立调查组与外围调查
立案后，成立调查组，进行立案初查，并写出初查报告。
从掌握的案源线索中开展外围调查，申请取证，进一步取得有力证据。
调查取证
办案人员按照规定的程序，运用规定的方法、手段和措施，对已经立案的案件通过调查收集证据，查明违纪事实。
调查报告与处理意见
调查结束后，调查人员会写出调查报告，并提出定性处理意见的书面综合材料。
移送审理
将经过立案调查并需要追究党纪政纪责任的案件，在调查终结后向案件审理部门移送。
申辩与审理
被调查人可以就检举控告的事实和调查组认定的错误事实、情节、性质、依据等进行申辩。
审理部门对案件进行定性量纪处理，并形成处分文件。
下达处分与案件终结
将处分文件、调查报告及本人检讨分别送组织部门存档，并通知被调查对象进行审理谈话，告知其违纪事实及量纪处理情况。
案件调查及审理终结后，将相关材料分卷装档保存。
整个立案过程必须严格依规依纪依法开展，确保客观、公正和合法。