开除员工的合法程序包括以下几个步骤：
认定员工严重违纪
必须依据合法有效的规章制度。
必须有证据证明劳动者严重违反规章制度。
用人单位应及时取证，例如要求劳动者做出书面检讨或解释，并留档备查。
通知工会
用人单位单方解除劳动合同，应当事先将理由通知工会。
用人单位应当研究工会的意见，并将处理结果书面通知工会。
送达解除劳动合同通知
用人单位需将解除劳动合同的决定以书面形式送达劳动者，并明确说明开除原因和生效日期。
用人单位应保留解除劳动合同的书面通知作为证据。
办理工作交接
员工在接到开除通知后，需办理工作交接并交回工具设备等。
结算薪资和福利
用人单位应支付员工应得的薪资和福利，并在办结工作交接时支付。
出具解除劳动合同的证明
用人单位应当在解除或者终止劳动合同时出具解除或者终止劳动合同的证明。
办理档案和社会保险关系转移手续
用人单位应为员工办理档案和社会保险关系转移手续。
保存相关文件
用人单位对已经解除或者终止的劳动合同的文本，至少保存二年备查。
通过以上步骤，用人单位可以合法地开除员工，并确保整个过程的合法性和透明度。建议用人单位在开除员工前，仔细审查员工的行为是否符合开除条件，并严格按照法律规定的程序进行操作，以避免可能的法律风险。