工程复工申请程序一般包括以下几个步骤：
提交复工申请
向业主单位提交工作联系单，申请复工，并由监理单位进行初步审核。
向建设主管部门提交《工程复工申请书》，说明停工起因和复工计划，并提供相关证明材料。
安全复验
对已完成的工程进行安全复验，确保停工期间工程的安全性，并提交安全复验报告和验收意见书。
缴纳费用
确认并缴纳相关费用，如保证金、期费等。
现场核查
主管部门到工地现场进行复工检查，检查安全生产情况，确认工地是否符合复工安全生产的要求。
审核与批复
工程质量安全监督机构在2个工作日内进行现场核查，并根据核查结果向达到复工条件的项目批复开复意见，对未达到复工条件的项目提出整改意见。
备案与核验
中止施工满一年的工程在恢复施工前，建设单位需要将相关证明材料和原施工许可证报审批部门，审批部门会同住建部门对原施工许可证及施工现场进行核验，确认具备恢复施工条件后，发证机关应在5个工作日内修正竣工期限并同意重新开工。
疫情防控
提交复工申请时，需要包含疫情防控承诺书、工人工资和生活费发放凭证等，确保工地符合疫情防控要求。
复工准备
建设单位、施工单位、监理单位组成复工检查组，对项目开展复工前检查并落实整改措施，确保所有问题整改合格。
建议提前准备好所有必要的文件和证明材料，并与相关部门保持密切沟通，以确保复工申请过程顺利进行。