种蛋的检疫程序主要包括以下几个方面：
产品来源
种蛋必须来自非疫区，确保供体无国家规定动物疫病，并且有健康合格证明。
健康合格证明
动物产品的供体必须无国家规定动物疫病，并且有健康合格证明。
种蛋的消毒处理
熏蒸消毒法：使用福尔马林等化学药品进行熏蒸，例如15g KMnO4 + 30ml福尔马林/m³，熏蒸30分钟。
紫外线照射消毒法：在50cm处照射1分钟。
药液浸泡消毒法：将种蛋浸泡在药液中一段时间进行消毒。
药液喷雾消毒法：使用药液对种蛋表面进行喷雾消毒。
检疫后处理
种蛋经感官检查和灯光透视检查均合格后，应签发检疫证书。
凡沙门氏菌和志贺氏菌检疫阳性者，不能作种用蛋。
有缺陷的蛋不能作种用蛋。
检疫消毒后于外包装加贴统一规定的消毒封签标志。
定期监测
对危害较大的疫病，如鸡新城疫、产蛋下降综合征等，应定期进行监测，采用血凝抑制试验、琼脂扩散试验等方法检测鸡群的抗体水平。
对种鸡群进行定期检疫，发现阳性鸡只立即淘汰，逐步建立无特定疫病的种鸡群。
除采血进行监测外，还可以定期对网上粪便、墙壁灰尘进行微生物培养，检查病原微生物的存在与否。
隔离观察
引进雏鸡或种蛋时，必须进行严格隔离观察，一旦发现疫情，立即进行处理。
通过以上程序，可以确保种蛋的安全性，防止疫病传播，保障养殖业的安全和健康发展。