分析程序在不同审计阶段有不同的应用，以下是其主要使用时机和目的：
风险评估阶段
分析程序常与询问、观察和检查程序结合使用，以了解被审计单位及其环境等方面情况。
在风险评估过程中，分析程序用于初步了解被审计单位的重大错报风险，识别潜在的重大错报风险领域。
实质性程序阶段
分析程序可以与细节测试结合使用，或单独使用，以查出重大错报。
当使用分析程序比细节测试能更有效地将认定层次的检查风险降至可接受的水平时，分析程序可以用作实质性程序。
审计结束或临近结束时
注册会计师运用分析程序对财务报表进行总体复核，在已收集的审计证据的基础上，对财务报表整体的合理性做最终把握，评价报表仍然存在重大错报风险而未被发现的可能性。
审计计划阶段
分析程序用于帮助审计师确定审计目标和制定相应的工作方向，包括综合分析被审计实体的行业、经济环境、竞争对手、财务指标等。
控制测试阶段
分析程序可以用于分析被审计实体的内部控制制度，评估其设计和实施的有效性。
建议
全程使用：分析程序应贯穿于审计的各个阶段，从了解被审计单位及其环境，到风险评估，再到实质性程序和总体复核，以全面收集和分析审计证据。
结合使用：分析程序应与其他审计程序（如询问、观察、检查、细节测试等）结合使用，以提高审计的效率和效果。
数据驱动：在运用分析程序时，应充分利用财务数据和非财务数据，通过数据之间的内在关系，对财务信息作出评价。
通过在不同阶段合理运用分析程序，注册会计师可以更有效地识别和管理审计风险，确保审计工作的质量和可靠性。