船员投诉程序如下：
投诉方式
船员可以通过以下方式向海事管理机构进行投诉：
现场投诉：船员可以直接到海事管理机构进行投诉，填写并提交相应的投诉表格。
网络投诉：船员可以通过国家海事管理机构的官方网站或其他网络渠道进行投诉。
书面投诉：船员可以通过信函、电报、电传、传真、电子邮件等方式进行投诉。
投诉处理流程
中国籍船舶：
如果投诉事项属于海事管理机构管理职责范围内，如船舶停泊在辖区港口，由负责受理的海事管理机构进行处理。
如果被投诉船舶停泊在其他海事管理机构辖区港口，由受理投诉的海事管理机构在规定期限内进行转交，并告知投诉人负责处理的海事管理机构名称及联系方式。
对于涉及欠薪、劳动合同、劳务纠纷等不属于海事管理机构职责范围内的投诉，海事管理机构会告知投诉人向船东所在地的地方人力资源社会保障行政部门进行投诉。
外国籍船舶：
如果被投诉船舶停泊在受理投诉的海事管理机构辖区港口，由负责受理投诉的海事管理机构进行处理。
如果被投诉船舶停泊在其他海事管理机构辖区港口，由受理投诉的海事管理机构在规定期限内进行转交，并告知投诉人负责处置的海事管理机构名称及联系方式。
投诉举报船舶管理公司
船员可以向国家海事管理机构或当地海事管理机构举报船公司，提供相关证据，如劳动合同、工资条等。
举报前要进行收集证据，以便在需要时提供。
投诉注意事项
投诉人应当如实报告投诉事实和投诉人姓名及联系方式，海事管理机构不受理没有事实和匿名的投诉。
投诉人应当选择适当的投诉渠道，确保投诉事项能够得到及时有效的处理。
通过以上程序，船员可以维护自己的合法权益，确保在船上的工作和生活条件符合法律法规的要求。