工厂转让的合法程序主要包括以下几个步骤：
股东会讨论表决
转让方需向公司董事会提出转让出资的申请，并由董事会提交股东会讨论表决。股东会讨论表决时，涉及国有资产的转让需要国有资产管理部门的批准。
资产评估
对企业涉及的资产（包括有形资产和无形资产）进行评估，以确保资产价值的准确性和合法性。特别是涉及国有资产的转让，必须进行资产评估。
签订转让协议
转让方与受让方在达成一致后，签订企业转让协议。协议中应明确转让的条款、条件、双方的权利和义务等。
修改公司章程和股东名册
召开股东会，出具股东会决议，同意股权转让，并修改公司章程和股东名册，将新股东的信息记载于股东名册中。
变更登记
向工商行政管理部门提交变更登记申请，包括变更公司法人和营业执照、组织机构代码证、税务登记证等。
办理其他相关手续
根据具体情况，可能还需要办理其他相关手续，如收回原股东的出资证明书，发放新的出资证明书，以及办理税务、银行等变更登记。
公告和备案
根据相关法律法规的要求，企业转让可能还需要进行公告和备案，以确保转让过程的透明度和合法性。
建议在转让过程中咨询专业律师和财务顾问，以确保所有程序符合法律法规的要求，避免潜在的法律风险。