纪律审查的程序主要包括以下几个阶段：
案件初核（初审）
对需要由本机关进行初步核查了解的违纪违法线索和材料进行初核（初审）。
经过初核（初审），反映问题失实的，向被反映人所在单位说明情况，必要时在一定范围内予以澄清；
有轻微违纪事实，不需要追究党政纪责任的，视情节作出组织处理；
-确有违纪事实，需要追究党政纪责任的，由本级或下级纪检监察机关按规定作出处理。
立案
对经初步核实认为确有违纪违法事实的线索，依照规定决定立案，制发《立案决定书》。
调查
通过调查收集证据，查明违纪事实。
在调查期间，可按照规定采取“两规”或“两指”､暂予扣留或封存财物､查询或冻结存款､组织处理及移送司法机关等措施。
移送审理
对经过立案调查并需要追究党纪政纪责任的案件，在调查终结后向案件审理部门移送。
经过有关会议研究，作出处分决定或处理意见。
立案审查调查
纪检监察机关经过初步核实，对党员、干部以及监察对象涉嫌违纪或者职务违法、职务犯罪，需要追究纪律或者法律责任的，应当立案审查调查。
承办部门应当起草立案审查调查呈批报告，经纪检监察机关主要负责人审批，报同级党委主要负责人批准，予以立案审查调查。
审查
审查开始前，纪检机关主要负责人主持召开执纪审查专题会议，研究确定审查方案，提出需要采取的审查措施。
纪检机关主要负责人批准审查方案。
审查是纪检机关纪律审查工作的主要阶段和中心环节，是执纪审理和最后处理的前提和基础。
形成见面材料
要求被调查对象签署意见和姓名并盖手印。
要求被调查对象写出书面检讨等规定。
线索处置
按照有关规定对受理的问题线索提出处置意见，履行审批手续，进行分类办理。
初步核实，了解、核查反映的主要问题或者部分问题是否存在，并收集客观性证据，确保真实性和准确性，为立案提供可靠依据。
这些程序确保了纪律审查工作的规范性和公正性，旨在查明事实、收集证据，并依法作出处理决定。