软件企业认定申请流程如下：
注册
企业需要在软件行业协会网站上进行用户名注册，填写公司名称、地址、组织机构代码、电话、联系人等信息。
注册审核
软件行业协会在1-2天内对注册信息进行审核，审核通过后，企业可进行下一步填报。
填报申请表及上传材料
注册通过审核后，企业需在网上填报《软件企业认定申请表》，并上传相关模板表格，如软件收入清单和大专人员名单等。
等待审核
软件行业协会在2-3天内对申报材料进行审核，数据无误则审核通过，数据有误则要求修改。
预约交材料
审核通过后，企业需在网上预约交材料，未预约的材料审查人员不予受理。
初审通过，等待发证
预约时间递交材料后，审查人员审核通过则发放受理通知单，企业可查看通知单上的时间并领取软件企业证书。
所需提交的材料：
《软件企业认定申请书》
企业法人营业执照副本、税务登记证复印件
企业开发及经营的软件产品列表，以及自主知识产权的有效证明材料，如软件著作权或专利证书等
《软件产品登记证书》或《计算机信息系统集成企业资质证书》，以及信息技术服务相关证明材料
企业职工人数、学历结构、研究开发人员数及其占比，以及劳动合同和社会保险缴纳证明
企业上一年度和当年度财务报表，包括软件产品开发销售收入、自主开发销售收入、研究开发费用等
质量保证手段与能力的证明材料，如ISO9000或SEICMM认证证书等
企业所有人员的学功证书或职称证书复印件
其他可能需要的资料，如信息产业主管部门要求的其他资料
建议企业在申请过程中确保所有材料的真实性和完整性，并按照规定的流程操作，以提高认定成功的几率。