高新软件企业在建账时，应当遵循以下步骤和注意事项：
选择财务软件
选择适合的财务软件，如账信云会计、畅捷通好会、金蝶云会计等，这些软件功能全面、操作简便，适合初创企业使用。
创建帐套
在财务软件中创建公司的帐套，包括总账、明细账、现金流量表、利润表等，确保帐套设置符合企业财务管理需求。
录入记账凭证
录入记账凭证，记录公司的财务活动，包括收入、支出、资产、负债、权益等信息。录入时需遵循会计准则和税法规定，确保凭证准确性和完整性，并及时审核和核对。
研发支出归集
将研发人员的人工按项目在研发支出中归集，划分为资本化支出或费用化支出。形成无形资产的部分在使用寿命内系统合理摊销转入费用化研发支出。
软件维护成本归集
将软件或服务的维护成本（含运维人工）归集到生产成本，在实现营业收入时结转为营业成本。
月末结账与税务申报
每个月末进行月末结账，包括计提损益、折旧摊销、坏账准备等，确保财务报表准确性和完整性。按季度或月份进行税务申报。
高新技术企业专项核算
设置高新技术企业认定专用研究开发费用辅助核算项目，核算到每个研发项目和二级明细科目，并在成本类科目设置一级科目“研发费用”。
遵守相关法规
在建账过程中，需遵守相关会计准则和税法规定，确保财务数据的准确性和合规性。
通过以上步骤和注意事项，高新软件企业可以建立规范的财务管理体系，为企业的健康发展提供支持。