在论文中引用软件著作时，应当遵循以下步骤和注意事项：
确定引用格式
首先，需要查看目标论文的引用要求，因为不同的期刊或会议可能有不同的引用格式要求。
常见的引用格式包括APA、MLA、Chicago等，选择合适的格式有助于保持论文的一致性和专业性。
使用文献管理软件
利用文献管理软件（如EndNote、Mendeley、Zotero等）来组织和引用文献，这些工具可以帮助你方便地插入引用、生成参考书目，并确保引用格式正确。
合法引用
根据《著作权法》第二十四条，在以下情况下使用软件著作可以不经著作权人许可，不向其支付报酬，但应当指明作者姓名或者名称、作品名称，并且不得影响该作品的正常使用，也不得不合理地损害著作权人的合法权益：
为个人学习、研究或者欣赏，使用他人已经发表的作品；
为介绍、评论某一作品或者说明某一问题，在作品中适当引用他人已经发表的作品；
为报道新闻，在报纸、期刊、广播电台、电视台等媒体中不可避免地再现或者引用已经发表的作品；
法律、行政法规规定的其他情形。
遵循机构或期刊的引用指南
许多学术机构和期刊会提供具体的引用格式指南，确保按照这些指南进行引用可以避免格式错误和不规范的情况。
正确标注信息
在引用软件著作时，应当注明作者姓名或名称、作品名称、出版年份等信息，以便读者能够准确找到原始来源。
避免侵权
确保引用的目的是为了学术研究和讨论，而不是用于商业目的或未经授权的复制和传播。
通过以上步骤，可以确保在论文中正确、合法地引用软件著作，避免侵犯著作权人的权益，并提高论文的学术质量。