公司申请软件著作权的过程可以分为以下几个步骤：
确定软件著作权归属
确保所有参与软件开发的成员或合作方都已签署相关协议，明确知识产权的归属。
准备申请材料
收集并整理软件著作权登记申请表、软件的源代码、用户手册、设计说明书等文档。
提供公司的营业执照副本、法人身份证明等主体资格证明资料。
进行网上注册和登录
在中国版权保护中心的官方网站上进行注册并登录，填写软件著作权登记的申请表。
在填写过程中，需详细注明软件的名称、版本号、开发完成时间等信息，并明确软件的开发方式（如独立开发、合作开发或委托开发）。
提交申请并等待审查
版权中心在收到申请后，将对申请材料进行初步审查和实质审查。
如果发现申请材料存在问题或不符合要求，版权中心将发放补正通知，要求公司在规定时间内进行补正。
补正和重新提交申请
根据版权中心的通知要求，及时补正相关材料并重新提交申请。
领取软件著作权登记证书
如果申请审核通过，公司将在规定时间内领取软件著作权登记证书。
建议
提前规划：确保在软件开发初期就明确知识产权归属，并签署相关协议。
详细准备：认真整理申请材料，确保所有文件完整、准确。
及时补正：在收到补正通知后，尽快完成补正，以免影响申请进度。
选择代理：如果公司没有足够的时间和资源来处理申请流程，可以考虑委托专业的版权代理服务机构来办理，这样既节省时间又降低成本。