企业软件退税的办理流程如下：
确认企业资质与产品登记
确保企业已按照国家规定完成税务登记，并取得相关资质。
在软件产品开发完成后，及时向税务部门申请软件产品登记和认定。
会计核算与凭证保留
按照税法规定，将符合条件的软件销售收入进行会计核算，并保留相关凭证和资料。
申请退税的基本条件
取得软件检测机构出具的《软件评测报告》。
拥有《软件产品登记证书》或《计算机软件著作权登记证书》。
所有文件中软件产品的名称必须保持一致。
退税申请流程
取得《软件产品登记证书》后，纳税人应携带《税务认定审批确认表》和登记证书复印件，至办税服务厅申请税务资格登记。
完成资格认定后，纳税人即可正式办理退税。
发票开具的注意事项
完整开票要素：开具增值税发票时，销货单位、商品名称、型号、金额等信息需填写齐全。
一致的软件产品名称：发票中的软件名称必须与《软件产品登记证书》一致，版本号也需填写。
合并开票：若同时销售自产软件与其他产品，需在同一张发票中列出，并注明软件名称。
退税申报表的填写
填写附表一：软件产品销售数据需填列在《本期销售情况明细》的“即征即退”栏次中，确保销售额、销项税额正确填写。
填写主表：申报表主表会自动生成部分数据，但需手动填写销项税额、进项税额等项，注意“本年累计”数据需手动计算填写，避免与实际经营数据不符。
进项税额分摊：对无法划分的进项税额，需按实际成本或销售收入比例分摊到软件产品。
提交申报材料
准备申报材料，包括软件企业认定证书、软件产品登记证书、税务登记证、财务报表、增值税纳税申报表、销售合同及发票副本等。
填写并提交申报表，如软件产品增值税即征即退申报表、软件产品销售明细表等，确保数据准确无误。
税务机关审核
税务机关会审核申报材料，包括销售额、进项税额及应退税款，可能会要求提供额外证明。
在审核过程中，企业应积极配合税务机关的工作，及时提供所需的证明材料。
退税
审核通过后，税务机关将退税款退还给企业，企业需核对退税金额，确保准确。
收到退税款后，企业应合理安排资金，用于企业的发展和创新。
通过以上步骤，软件企业可以有效地进行退税操作，减轻税务负担。建议企业在办理退税时，仔细核对所有材料和数据，确保准确无误，并及时与税务机关沟通，以确保退税流程顺利进行。