针对程序违法的处理方式，可以总结如下：
行政复议
行政相对人若对行政行为有争议，可以在知道行政行为后的60天内申请行政复议。
行政复议机关若发现行政行为程序违法，应当撤销或变更该行政行为。
刑事诉讼中的申辩
被告人有权在刑事诉讼中对起诉书、证据和其他诉讼材料提出申辩。
法院应对被告人的申辩进行审查，若符合法律规定和实际情况，应当予以采纳。
程序违法的具体表现
程序违法主要分为方式违法和步骤违法，包括未能遵循相关法律法规所设定的程序条件、方式、步骤、顺序及期限等。
重新鉴定
在某些情况下，如鉴定程序违法或鉴定意见依据不足，可以进行重新鉴定。
法律监督
当事人若认为判决或裁定存在不公，可以依法上诉或向检察院申请监督。
责任追究
对于违反法定程序的行为，应依法追究相关人员的法律责任，包括内部处罚、撤销违法决定或判决等。
赔偿或补偿
对于因程序性违法而遭受损失的当事人，应给予相应的赔偿或补偿，以维护其合法权益。
行政处罚
违反法定程序实施行政处罚的，上级行政机关或有关部门可责令改正，并依法给予行政处分。
司法救济
法院在审理过程中发现程序违法，可以裁定撤销原判决并发回重审。
综上所述，针对程序违法的处理方式多样，具体采取哪种方式取决于违法的性质、严重程度及影响范围。在实际操作中，建议当事人或相关人员根据具体情况选择合适的救济途径，以维护自身合法权益。