修改手机游戏程序可以通过以下几种方法：
使用反编译工具
Winhex：16位进制编辑器，用于查看和修改游戏的二进制文件。
UltraEdit：文本编辑器，可以用于编辑二进制文件。
IDA-Pro：Java反编译器，用于将Java字节码反编译成源代码，便于分析和修改。
使用第三方应用
Nova启动器：可以更换应用的图标和主题。
GO桌面：可以更换应用的图标。
Es File Explorer：文件管理器，可以用于替换应用的图标文件。
使用专门的修改工具
安卓修改大师：可以反编译游戏，修改图标、程序名称等，并重新打包编译。
MT管理器：可以修改游戏内的数据，如金币、钻石等。
注意事项：
版权和安全性：修改游戏程序可能涉及版权问题，请确保你有合法权利修改并遵守相关法律法规。
稳定性：修改后的游戏可能会出现不稳定或无法正常运行的情况，请谨慎操作。
更新和兼容性：修改后的应用可能无法通过官方更新，且可能不兼容某些设备或操作系统版本。
建议在进行任何修改前，先备份原始文件，并确保了解所做修改可能带来的后果。