违规工程建设程序的处罚措施主要包括以下几种情形：
未取得建设工程规划许可证或未按照许可证规定建设
由县级以上地方人民政府城乡规划主管部门责令停止建设。
若尚可采取改正措施消除对规划实施的影响，则限期改正，并处以建设工程造价5%以上10%以下的罚款。
若无法采取改正措施消除影响，则限期拆除，不能拆除的，没收实物或违法收入，并可并处建设工程造价10%以下的罚款。
未取得施工许可证或开工报告未经批准擅自施工
责令停止施工，限期改正，并根据工程合同价款处以1%以上1.5%以下的罚款。
若未取得项目审批、核准或设计审批，擅自施工，则处以工程合同价款1.5%以上2%以下的罚款。
在责令停止建设或限期拆除的决定后，当事人不停止建设或逾期不拆除
建设工程所在地县级以上地方人民政府可责成有关部门采取查封施工现场、强制拆除等措施。
对违法建设进行行政处罚的具体流程
立案阶段：执法部门接到违法行为线索后甄别并履行内部审批手续。
调查阶段：执法部门需查明违法建设的基本客观事实和相关证据。
作出处罚决定阶段：根据调查结果，执法部门作出处罚决定，包括罚款、限期拆除或没收等。
行政强制拆除决定阶段及实施阶段：在法院最终判决前不得实施强制拆除，一旦判决支持拆除决定，相关部门将依法执行强制拆除。
这些处罚措施旨在维护城市规划和公共利益，确保工程建设程序合法合规。建议相关当事人严格遵守相关法律法规，避免因违规建设而受到处罚。