工程结算的程序一般包括以下几个步骤：
工程竣工验收合格
工程结算的前提是工程必须竣工验收合格。这包括总包、所有分包、材料设备等都要进行四方验收，并签发合格证书。
整理结算资料
每项工程验收合格后，乙方需要汇总整理所有结算资料，包括施工图纸、工程承包合同、施工全过程的动态资料等，并上报给监理和甲方。
审核结算资料
监理负责审核结算资料的完整性，确保资料齐备符合竣工资料的验收要求。甲方的预算人员也应参与审核，如果招标时的工程量清单由咨询公司编制，则该咨询公司也可负责审核。
工程量核对
工程量是结算的关键，需要仔细核对，确保与实际完成的工程量相符。可能存在工程量被夸大或缩小的情况，需要仔细审查。
定额单价审核
定额单价在编制结算时具有重要作用，需要参照定额单价的明细子目进行套用，并注意审核过程中可能出现的差错。
其他费用审核
其他费用的计算方法和工程量和定额单价不同，需要根据具体情况进行审核，确保费用合理。
编制竣工结算书
将各个单位工程的结算汇总成整个工程项目的竣工结算书，并编写编制说明，详细说明结算书的工程范围、内容、存在的问题及其他需要说明的事项。
审批和签认
竣工结算书需要经过相关部门的审批和签认，最终由建设单位审查签认后生效。
支付工程费用
业主在收到工程师签发的付款证书后，按照合同规定的时间支付给承包商。
通过以上步骤，可以确保工程结算的准确性和及时性，避免因结算问题导致的纠纷。建议在实际操作中，各方应严格按照合同约定和流程进行，确保结算过程公正、透明。