小程序公司代理可以通过以下方式赚钱：
销售小程序模板与服务
为商家提供小程序制作服务，收取制作费用。
提供定制化服务、升级插件等增值服务来增加收入。
代运营服务
帮助传统商家运营小程序，制定方案并收取代运营费用。
广告收入
小程序上的置顶商品位等是黄金广告位，可与商家合作获得广告收入。
细分市场与新兴领域机会
深耕细分行业，如社区团购、同城跑腿等新商业模式，找到被忽视的需求，开拓新客户。
整合供应链，通过小程序整合行业产品供应链，再通过线上代理分销合伙人的方式把产品卖出去。
低投入高回报
代理门槛低，无需具备专业的技术和大量资金投入，适合资金和技术薄弱的创业者。
潜在收益高，一个20万左右人口的县级城市，同城有小程序建站需求的商家就有500+以上，制作开发每个小程序向商家收取3000元至上万元，那么年收入就较为可观。
选择高质量的小程序产品
选择知名度高、模板设计水平高、系统稳定、功能好用且及时更新、售后服务水平高的产品，以便更好地销售和推广。
不断学习
代理商需要不断学习小程序相关知识，熟悉微信生态，了解所代理的产品的功能、设计、用法，熟练运用新功能，并对竞品有深入了解。
扩充人脉
建立广泛的人脉，结交有用的人，这些人脉可能成为潜在客户或合作伙伴。
借势
利用节日、娱乐圈大新闻等时机进行促销，提高销量。
提供运营服务
为商家提供日常更新、内容管理、用户反馈处理等基础运营服务，按季度或年度收取服务费用。
帮助商家制定并执行小程序的推广营销策略，如策划线上线下活动、进行广告投放、优化小程序在搜索结果中的排名等，根据推广活动的规模和效果收取相应的服务费用。
对小程序的用户行为、流量来源、交易数据等进行分析，为商家提供详细的数据分析报告和建议，帮助商家优化小程序的功能和运营策略。
利润分成
了解平台与代理商之间的利润分成模式，包括首次销售的分成比例、后续续费的分成等，确保利润分成模式合理，能够为自己带来足够的收益。
培训与支持
平台是否提供全面的培训，包括产品知识、销售技巧、市场推广等方面的培训，以及是否有专业的技术支持团队，能够及时解决代理商在业务开展过程中遇到的问题。
通过以上方式，小程序公司代理可以实现多样化的盈利模式，并且可以根据自身情况和市场需求选择合适的盈利策略。