整理数控程序文件的方法如下：
指令格式
各个指令之间最好采用添加空格，以提高可读性，例如：`N4 G0 G90 G54 X102.081 Y16.297`。
尽量避免使用相对指令，如`G92`、`G91`，而应使用绝对指令，如`G54`~`G59`、`G90`。
文件命名
程序文件夹应由四部分组成：品代号、零（部）件代号、工序号、程序号，例如：`ST302\0101-01\GX35\12.NC`。
数控程序的文件名后缀名由数控系统编程软件确定，不同的软件可能有不同的后缀名格式。
程序结构
编制程序时，不得有跳跃，主程序采用2位数字，每道工序的程序号从1到99开始顺序编号。
主程序的子程序采用4位数字，前2位为子程序号，后2位为主程序号，例如：`0523.NC`表示第23号主程序。
版本控制
建议采用电子文件管理，将所有文件资料以电子形式保存在计算机或服务器中，并通过网络进行管理和共享。这种方法可以节省空间，提高文件检索效率，方便版本控制和共享。
记录和修改
每次修改好的程序应全部传至数控加工设备，并由数控操作工人进行加工。
数控加工操作者在加工过程中对程序的修改意见，包括自行修改完善的程序，都要及时通知零件的主管技术员，由主管技术员传至上位机完善保存。
优化和清理
在进行数控机床编程时，需要定期对已有的程序进行整理和优化，以提高程序的效率和质量，满足生产需求。
清除不再使用的旧程序，避免混乱和丢失。
通过以上方法，可以有效地整理和管理数控程序文件，确保程序的高效运行和可追溯性。