编程铣两个孔的方法可以分为手动编程、图形化编程、参数化编程和预置编程。以下是使用UG12软件进行编程的步骤：
1. 打开UG12软件并创建一个新的加工工序。
2. 选择"曲面加工"功能，并选择合适的刀具类型。
3. 确定铣孔的位置和尺寸，并创建一个孔的几何体。
4. 在工作区中选择刀具路径。
5. 设置刀具路径的参数，例如进给速度和切削深度。
6. 确定加工方向和刀具半径补偿。
7. 生成刀具路径，并检查路径是否符合要求。
8. 导出加工程序，保存为机床可读取的格式。
9. 将生成的加工程序加载到数控机床中，进行加工操作。
通过以上步骤，可以实现对两个孔的精确编程和加工。建议在实际应用中，根据具体的加工要求和机床性能进行调整和优化，以确保加工质量和效率。