公司通过小程序缴税的方式如下：
了解相关税法规定
微信小程序入驻商家的混合销售额增值税率为6%，需遵循《增值税暂行条例》、《个人所得税法》及相关法规进行申报和缴纳。
对公账户收入与缴税
小程序产生的交易，发票由商家开具。若不开具发票，则不需要交税。
对公账户的收入所得需要按照收入比例缴纳税款。
利用税收优惠政策
小微企业可以享受一定的税收优惠政策，例如每个季度有45万元的免征增值税额度。
准备相关证件
在开设小程序之前，需要准备营业执照，无论是公司还是个体工商户均可。
缴税流程
纳税人需要按照规定的申报周期（如月度、季度或年度）向税务机关申报并缴纳相应的税款。具体的申报和缴税流程可以通过电子税务局或前往税务局现场办理。
建议
咨询专业人士：由于缴税的具体操作可能涉及复杂的税法规定和操作流程，建议咨询公司的财务会计或专业的税务顾问，以确保合法合规地完成缴税。
合理规划：合理利用税收优惠政策，可以有效减轻企业的税负，提高经营效益。
希望以上信息对您有所帮助。如果有更多具体问题或需要更详细的操作指导，请随时咨询相关专业人士。