魅族MX2使用的 是基于Android 4.1的Flyme 2.0系统。该系统进行了重新设计，提供了更悦目的视觉效果和更流畅的使用体验。Flyme 2.0系统注重与用户的交互操作，常用的操作按键都放在屏幕最容易触控到的位置，需要全屏浏览时这些按键会自动隐藏。此外，系统还拥有3452项交互体验和417项新功能，包括SmartBar设计、新便签功能、GPU浏览器加速、互联网短信支持语音功能等。